民國十一年四月，奉准設立「馬公第二公學校（雞母塢）風櫃尾分教場」。民國二十一年四月「馬公第二公學校」奉令降為「雞母塢分教場」，同時本校即改隸「馬公第一公學校風櫃尾分教場」。民國二十八年四月，雞母塢分教場奉令再升格獨立改稱「馬公第三公學校」，本校又奉令再隸屬為「馬公第三公學校風櫃尾分教場」。民國三十年四月，「馬公第三公學校」奉准改校名為「圓頂國民學校」，本校亦同時改稱「澎湖廳圓頂國民學校風櫃尾分教場」。民國三十四年十一月，澎湖廳接管委員會派員接收校務。民國三十五年一月，澎湖縣政府成立，同年二月一日本校奉准升格獨立，校名改稱「澎湖縣馬公鎮風櫃尾國民學校」。民國五十七年八月一日起，政府實施九年義務教育，校名改稱為「澎湖縣馬公鎮風櫃國民小學」。民國七十年十二月一日馬公市改制，改名再變更為「澎湖縣馬公市風櫃國民小學」。
