本校於民國49年至86年1月為石泉國小分校，校址設於澎湖縣馬公市東文里98號，佔地計0.6公頃。
86年2月1日至86年7月31日改為石泉國小文澳分校，劉金聲為分校主任，籌建校舍時期校址在澎湖縣馬公市西文里文學路221號(現址)，佔地2.698公頃。
86年8月1日獨立設校，校名為「澎湖縣馬公市文澳國民小學」，曾長文校長獲派為首任校長。
徐安永校長於90年8月1日接掌本校第二任校長。
許佛乞校長於97年8月1日接掌本校第三任校長，為本校現任校長。
100年8月1日，學生數679人，班級數28班。(普通班減1班，增加體育班1班)。
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