民前１３年核准創立為關帝廟公學校（假關帝廟為校舍）。民前５年校址定於五甲段２２０７號（現歸仁、關廟鄉界）。民國５年設媽祖廟分校（現歸仁鄉保西國小）。民國１０年改校名為關廟公學校；於現地址建築校舍（部分學生移到新校舍上課）。民國１１年另設高等科（二年制）。民國１２年設埤子頭和龜洞分校場（現保東國小、崇和國小）。民國２０年新校舍全部完成，學生全部到新校舍上課。民國３０年改校名為關廟國民學校。民國３２年設關廟東分校場（現五甲國小）。民國３４年台灣光復；由教員吳晚得接任校長。民國３６年設嗊哩分班（現新光國小）。民國４３年奉准附設幼稚園。民國４４年奉令為台南縣示範國民學校。民國４７年奉令為台南縣視聽教育示範國民學校；改嗊哩分班為新光分校。民國５４年奉令為台南縣重點輔導國民學校。民國５７年校名改為關廟國民小學。民國９９年縣市合併升格臺南市，成為臺南市立關廟國民小學。
