民國五十四年，天主教會台南教區羅光主教赴羅馬途經香港，稔悉國籍中華耶穌寶血女修會在港興學有成，特相邀來台創辦教會小學，遂覓定校址於本市北區開元路。
民國五十五年在這片荒蕪的土地上開始建築校舍，創辦人呂燃金修女種下了象徵百年樹人的一株小樹苗。懷著一份希望及奉獻的心，修女們親身投入建校工程。民國五十六年二月第一棟樓校舍竣工，八月奉准立案，正式命名為台南市私立寶仁小學，開始招收一年級新生，第一批新生共計三十九名，首任校長是黃玉清修女。
本校創立乃本著耶穌基督之博愛精神，並配合政府教育之政策，故自一年級起實施全日制教學，始能實現「教育即生活，生活即教育」的理想教學法。
寶仁小學由原有的三十九名學生，迄今已增加至約一千人；學校占地二萬多坪，除建有三棟主要校舍外，前後各有一個綠草如茵的大草原，其餘幾乎每一個角落都充分利用了；主要目的就是希望小朋友能擁有寬敞的活動空間，從小就培養他們開朗的個性，寬闊的胸襟及遠大的志向。
